USA (1989) Steve Morrison fühlt sich von der Marine ungerecht behandelt und braucht dringend Geld. Er bricht im Auftrag einiger zwielichtiger Hintermänner bei der Phoenix Foundation ein und stiehlt eine Ampulle Anthrax. Er will den tödlichen Milzbranderreger, der bei der biologischen Kriegsführung eingesetzt wird, an den Meistbietenden verkaufen. Wie sich herausstellt, ist Morrison ein alter Freund von MacGyver, der ihm einst bei einer gefährlichen Mission das Leben gerettet hat. Er wurde aufgrund einer Kopfverletzung, die er sich dabei zugezogen hat, aus dem aktiven Dienst bei den Navy Seals entlassen. MacGyver, sein ehemaliger Commander und Steves Frau Marie versuchen, die Übergabe der gefährlichen Substanz mit allen Mitteln zu verhindern...